綜合大樓已於109年10月24日舉行感恩禮拜

民國82年底(主後1993年)，本校創辦人「財團法人台灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會」於三芝鄉購入十餘公頃土地作為校地，興建校舍，於95年7月21日啟用。  

本校辦學績優、評鑑一等，於各界深獲好評，在少子化衝擊下，學生數仍持續成長，106學年度全校新生註冊率平均98.70%，學生總數已逾4,300人。其中三芝校區學生數自95年800人，106學年已達1,857人，空間早已不敷使用，於董事會大力支持下，籌建新大樓(樓地板面積8,902.83 ㎡)，預估建築經費逾3.5億。新大樓為地上5層，地下1層，規劃教學與宿舍空間。於主後2018年4月12日舉行動土感恩禮拜，2020年10月24日舉行啟用感恩禮拜。

感謝馬偕紀念醫院,林光教授,沛華集團,偕森股份有限公司許承基董事長,展昇營造開發有限公司許秀華董事長,中華民國馬偕校友會,本校陳漢湘校長,有富國際集團洪村騫董事長,邱美葉校友,亞博實業股份有限公司曾博雅董事長林淑惠伉儷及各界熱心馬偕教育人士齊力捐獻,完成綜合大樓.

習習谷風，祈自然氣息下，培育造就具馬偕風範莘莘學子，更不負創校精神，建構永續卓越馬偕學園，成為學習的迦南美地，榮神益人。